明清两代大运河联系着王朝的经济命脉，明代的二十多个染织局中半数以上设立于运河沿线。清代设立的北京、江宁、苏州、杭州等著名织造局也均在运河沿线。明清运河上的商贸税收占全国关税收入的三到五成。由于运河在王朝中的显要地位，明清两代对大运河十分重视，进行过不少疏浚工作，保障了大运河的通航。
明代利用南北大运河北运南粮，并设漕运总督主管。运到京城的粮粟。最高年份达到450万石。明代运河的航道与元代基本相同，大致是:首先利用江南运河;然后由镇江过长江。经过扬州、高邮、宝应，渡过高宝诸湖，穿过淮河，入黄河;又经元朝所开的济州河、会通河，出卫河、白河，最后溯通惠河，到达北京。明代运河粮粟的运输采取军民分担转运的办法。在运河沿线的重要河港淮安、徐州、临清、德州四地建造粮仓，政府置备船只，多到三千余艘。宣德四年(1429年)规定江西、湖广、浙江等地民运粮274万石，集中于徐州仓、江苏、安徽等地民运粮220万石，集中于临清仓，然后由官军接民运到北京。开封、彰德、卫辉等地粮粟运集德州仓。当时从事嘈运的军卒和民夫“驾舟背纤，盘驳过闸，艰辛万状，往返儿年”，所受苦难也就可想而知了，并且也易误农时。
由于每年要由东南各省向京师运送漕粮众多，因而对南北运河的畅通一直非常注重。明代对大运河的疏浚工作主要有:疏浚江都县瓜洲坝河道，修筑高邮湖堤岸，修理淮安清江浦二闸.引汶水接济运河，开清江浦河道，建筑淮安五坝，疏浚沙河故道，筑宝应、汜光、白马诸湖长堤，开扬州白塔河，筑高邮湖堤和淮安运河堤，增设平水闸至23座，等等。
《乾隆南巡图》记述了乾隆南巡时的的沿途运河景致，是清中期运河的生动写照。康熙和乾隆两个皇帝都曾先后六次南巡，也不全是为了游山玩水，视察河工、督修运河也是目的之一。清代运河全线所经地区由地方官分段管理，责任分明。运河管理官员先后置有巡漕御使、河道总督、漕运通判、管河州同、管河千总等，夫役有铺夫、捞浅夫等。
清代对大运河的治理主要注重了两点:一是疏浚山东省境内的大运河，而又以从临清到南旺的一段更为重要;二是注重江苏省境内大运河的安全通航，特别是保护里运河的堤防，使它不受洪泽湖及高宝湖下来的洪水威胁。清顺治八年(1651年)开始发动民工，大挖山东境内运河;顺治十年(1653年)，又规定临清到南旺间一段运河每年小浚一次。每隔一年大浚一次.以维持通航;后又修驻闸坝，加修堤岸。其中康熙帝对大运河最为重视，多次亲身前去实地调查。总结了不少经验。在江苏境内，首先继续培修洪湖大堤。做到“蓄清刷黄”，即在洪泽湖内蓄积起大量清水，用来冲刷黄河河道，使大运河通过淮河部分畅通无阻。另外，为了抗拒高宝湖水，又加高了运河的大堤，使淮河经过弯曲狭窄的水道，南下流人长江。
大运河上航运非常繁忙，容易因为争先超船而发生争执。因此朝廷发布诏令规定漕船先行，余船尾随，不遵约束者治罪。
元代以前，中国王朝的都城大都建在中原和关中地区，居天下之中，靠运河转输比较便利。元、明、清三代建都北京，与南方富庶之地相隔遥远。仅靠大运河转输已经不能满足需要了。因此。从元代开始就已经从沿海进行海路运输漕粮了，元代的漕运主要靠海运。走运河的大约只占十分之一。
到了清代中叶，太平天国兴起，洪秀全在南京建立了政权，占据东南，并且派兵北伐，河南、河北、山东一带，战火弥漫，阻断了江南财富通过运河北运的通道。咸丰五年(1855年)，黄河改道向北流入渤海，盛极一时的京杭大运河由于黄河改道的影响而淤塞断航。咸丰以后，清朝政府转向依靠海路运送漕粮，才“海运为常”。
津浦铁路通车以后，所经线路与大运河大体相当，完全取代了大运河的转输，京杭大运河逐渐走向衰废。到了民国时期，除厂江南地区全部及苏北地区和河北地区的局部河段尚可通航外，通惠河及其余河段全都逐渐埋废，京杭大运河变得有名无实了。
现在的运河污染严重。水道缺水，水运不畅。即将动工的南水北调东线工程将利用运河之床，运长江之水到华北缺水地区，以前运漕粮的运河终于又可以复活。或许有一天人们还可以从北京乘上游船，经通惠河、北运河、南运河、中运河、里运河、江南运河到平望，然后折向西经过湖州的运河西线，可以直接到达杭州，从而饱览这沿途的风光民俗。