明清两代大运河联系着王朝的经济命脉，明代的二十多个染织局中半数以上设立于运河沿线。清代设立的北京、江宁、苏州、杭州等著名织造局也均在运河沿线。明清运河上的商贸税收占全国关税收入的三到五成。由于运河在王朝中的显要地位，明清两代对大运河十分重视，进行过不少疏浚工作，保障了大运河的通航。
明代利用南北大运河北运南粮，并设漕运总督主管。运到京城的粮粟。最高年份达到450万石。明代运河的航道与元代基本相同，大致是:首先利用江南运河;然后由镇江过长江。经过扬州、高邮、宝应，渡过高宝诸湖，穿过淮河，入黄河;又经元朝所开的济州河、会通河，出卫河、白河，最后溯通惠河，到达北京。明代运河粮粟的运输采取军民分担转运的办法。在运河沿线的重要河港淮安、徐州、临清、德州四地建造粮仓，政府置备船只，多到三千余艘。宣德四年(1429年)规定江西、湖广、浙江等地民运粮274万石，集中于徐州仓、江苏、安徽等地民运粮220万石，集中于临清仓，然后由官军接民运到北京。开封、彰德、卫辉等地粮粟运集德州仓。当时从事嘈运的军卒和民夫“驾舟背纤，盘驳过闸，艰辛万状，往返儿年”，所受苦难也就可想而知了，并且也易误农时。
由于每年要由东南各省向京师运送漕粮众多，因而对南北运河的畅通一直非常注重。明代对大运河的疏浚工作主要有:疏浚江都县瓜洲坝河道，修筑高邮湖堤岸，修理淮安清江浦二闸.引汶水接济运河，开清江浦河道，建筑淮安五坝，疏浚沙河故道，筑宝应、汜光、白马诸湖长堤，开扬州白塔河，筑高邮湖堤和淮安运河堤，增设平水闸至23座，等等。
《乾隆南巡图》记述了乾隆南巡时的的沿途运河景致，是清中期运河的生动写照。康熙和乾隆两个皇帝都曾先后六次南巡，也不全是为了游山玩水，视察河工、督修运河也是目的之一。清代运河全线所经地区由地方官分段管理，责任分明。运河管理官员先后置有巡漕御使、河道总督、漕运通判、管河州同、管河千总等，夫役有铺夫、捞浅夫等。