在国人日益重视文化的软实力，日益看好各具特色的地域文化在经济建设、开展旅游中的巨大作用时，徽州文化的保护和开发，突显其重要性、紧迫性、艰巨性。
必须重视徽州文化生态区域整体保护
徽州文化首先是一种地域文化。经过数千年的蒸育胚变，产生和兴盛于徽州一府六县、发散于周边、有较大影响的徽州文化，“商成帮、学成派、名人成群”，地域特色鲜明，新安理学、皖派朴学、徽州古村落、徽州宗族、徽州建筑、徽派三雕、徽州文房四宝、徽州版画、徽派篆刻、徽菜、徽戏、徽州方言、徽州民俗、徽州文书、徽州文学、新安医学等等特色板块，地域特性突出。这是在长期相对稳定而且不间断的古徽州相对独立的地理文化单元中，在一种超稳定的社会历史结构中，在“儒风独茂”的特殊文化氛围中，逐渐形成的特色文化。离开这个特殊地域环境，缺少这种特定的历史文化氛围，割断这种一以贯之的历史文脉，就没有“徽州文化”可言。——所以徽州文化的保护，最为重要、最为紧迫、最值得关注的， 是对徽州文化生态区域的整体性保护。一个徽州古村落，一处徽州古民居，一块徽州精美木雕，固然需要保护，但是这种保护，如果离开了“徽州”这个特定的人文生态环境，那也不过是收藏了一个“古董”而已。
徽州文化同时又决不仅仅是一种地域文化。由于徽州特殊的自然地理环境。徽州历史上中原移民的特别历史变迁情况，宋以来程朱理学的特别影响以及徽商文化对中华传统文化的广博吸纳，徽州文化本质上是中华儒学文化的厚实积淀，标本和缩影，徽州文化是宋以来特别是明清时期中华文化的一个典型代表，再现了宋以来汉民族民间社会生活实态。这一特点，使得徽州文化生态区域的整体保护有其重大的特殊的意义。
而徽州文化生态区域整体，正受到四个方面的严重伤害和消解：
一、 文化无知性的硬性肢解。上个世纪30年代，蒋介石出于“剿共”需要，根本不管婺源和徽州文化悠久的渊源关系，强行将婺源从徽州切割归于江西，蒋的蛮横和文化无知受到婺源上下强烈的反对，产生了影响很大的“回皖”运动，抵制这种对徽州的肢解。上世纪80年代，有人片面理解“打黄山牌”，又把徽州文化的腹地绩溪从徽州切割，进而取消了作为地理文化单元符号的“徽州”名称。这种文化无知性的硬性肢解，用行政手段斩断了徽州文化的肌理和文脉，从地域上打乱了徽州文化生态区域的完整性。事实表明，不合理不合情的行政区划，正在日益严重地冲击和淡化着徽州文化完整的“乡村记忆”，给徽州文化生态区域的整体保护和开发设置了大障碍和大隐患。
二、 釜底抽薪式的泛化曲解。随着徽州文化在国内外声誉的提高，可能是出于对安徽发展的需要，一些人努力将“徽商”泛化为安徽之商，将“徽菜”泛化为安徽之菜，将“徽戏”泛化为安徽之戏，总之将“徽州文化”泛化为安徽文化的“徽文化”，将“徽州学”泛化为安徽之学的“徽学”。对徽州文化中一些特有的学术概念之内涵和外延随心所欲地进行“诠解”和“阐释”，通过曲解从根本上消融了徽州文化区域生态的客观存在。不错，徽州文化是安徽地域文化的一部分，但它无意、也不可能代替整个“安徽文化”。概念的泛化和内质的曲解，对徽州文化特性的漠视，无论在学术文化层面还是从旅游开发层面，都造成了大的混乱和大的危害。
三、败家子式的虫食摧残。老祖宗留在徽州本土的徽州文化物质和非物质遗产遍布徽州城乡，构成历史文化底蕴丰厚的完整的徽州文化区域生态。十年动乱对这个区域文化生态的“史无前例”大毁灭、大摧残已经让人们不堪回首，成为所有徽州人的“千年之痛”。而近些年来一些败家子则钉紧了徽州古村落、徽州古建筑、徽州文物等等可以“发财致富”的宝贝，对徽州文化区域生态行进着触目惊心的破坏，几十幢徽州古民宅，离开了徽州故土；去年不下60幢徽州古祠堂被盗卖出徽州；至于徽州三雕珍品、徽州文书则不知有多少从徽州源源流出。乡村频频出现偷盗徽州文物案件，许多徽州民居门楼被挖得满目疮痍。如果再不采取切实有力措施，若干年后寻找徽州文化区域生态的影子都难。
四、“建设性”的毁坏 。 有的人“建设新农村”热情高，又缺乏徽州文化的意识，乡村规划和建设将徽州文化传统的理念和遗存之精华弃之如敝履，无意中彻底割断了历史文脉，完全抹去了宝贵的徽州“乡村记忆”。这些年来，乡村中那些粗劣的“马赛克”、“水泥盒”作品。破坏自然谐调的杂乱建筑，已经给徽州文化区域生态造成了大的损害。我们不仅需要在新农村建设中重视保徽、改徽、建徽，更需要强化徽州文化区域生态的综合保护意识。
六十多年前，我们徽州的老前辈陶行知夫子就提出“徽州人的新使命”就是要“为徽州作一个通盘的筹划”，确立“徽州万年不拔之基”。他早就看到了徽州地理文化单元的整体保护具有深远的价值和意义。如果我们破坏了徽州整体文化生态这个“万年不拔之基”，徽州文化的承传和弘扬只是一句空话。
必须加强徽州文化物质和非物质遗产的保护
一、 徽州文化物质遗产是徽州文化的重要载体，徽州古村落是世界文化遗产，实施徽州古村落千村保护工程，将婺源、绩溪古村落纳入统一保护行列，功在当代，利在千秋。需要有大的投入，这是一个综合工程。徽州古建筑保护难度大，需要采用招揽内外人士认养等多种办法。关键是扫徽州文化盲，提高全民珍视保护意识，靠人民群众的自觉行动。政府要有强力法规和切实措施。
二、 徽州文化非物质遗产不少正濒临消亡，象一些徽州工艺、徽州民歌民谣、口传文学、徽州方言、徽州民间艺术、徽州民俗等等，亟须抢救性发掘整理，给予扶植。
必须努力把徽州文化资源转生成文化产品
一些徽州民俗、徽州工艺、徽州民间戏曲，是把徽州文化旅游搞活、搞动的重要文化资源。（象徽州民间戏曲表演、徽州民歌演唱、民俗表演、徽州祠祭、徽州竖屋仪式等等，但必须是徽州文化特色，人无我有）。丰富了徽州文化旅游内涵，提升了文化旅游档次，促成了观光型向体验型的转变。
一些徽州文化资源可提高旅游纪念品的文化品位（如竹雕），可增强地域独特性（象北岸53件祭器、西湖十景图、白鹿图、大阜百子图、百鸟图）。
徽州文化的保护和开发是对中华优秀传统文化的承传和弘扬，是一个大题目，需要社会各个方面、各级政府、全体徽州人的共同努力。最近，中宣部部长刘云山在考察徽州文化之后特别指出：徽州文化是中华文化的瑰宝，千万不能身在宝山不识宝。要做好徽州文化的保护、研究、开发利用工作，让徽州文化走向全国、走向世界。搞好徽州文化的保护和开发，是为了承传中华文脉，弘扬中华民族精神，对构建和谐社会，促进现代化建设的发展，都有积极意义，任重而道远。