孔子是汉朝以后历代帝王都尊崇的至圣先师，除了在其故乡曲阜建有规模宏大的孔庙、孔府、孔林以外，历朝历代几乎每座县城内都建有孔庙，因为与供奉关羽的武庙相对而称文庙。南京孔庙和曲阜孔庙、北京孔庙、吉林孔庙并称为全国四大孔庙，已习惯尊称孔夫子，所以一般又称为“夫子庙”。
南京夫子庙以秦淮河为天然的泮池，河南侧为全长一百一十米的大照壁，是全国照壁之最，北面木牌坊是在原址上南移重建的，和其北的棂星门隔贡院相对，原来街东西两侧还各有一座牌坊，不过都已不复存在了。
牌坊以北的大门现在成了正门入口，进门是一条石砌的通道，通往重檐歇山式主殿大成殿，殿内复原了孔子及其主要弟子的画像，殿前两侧的廊庑里则陈放着用檀木雕刻的中国世界遗产微缩浮雕展览。