明清两代，巍山实行土司制度，彝族左氏任土司，承袭18世。明代称蒙化府，是云南“三大土府”之一，另外两个土府是丽江纳西族木氏土府，元江傣族那氏土府。
　　悠久的历史，造就了巍山彝族回族自治县丰富多彩的历史文化，文物古迹荟萃，风景名胜众多。有巍宝山、巍山古城、玄龙寺、圆觉寺、山龙山于图城、云隐寺、陈异叔石棺、慧明寺、东山蒙化灵泉、鸟道雄关、五印山等等。
巍山古城筑有城墙，东西南北四个城门，城中心建星拱楼，古城形方如印。城内为棋盘式街道格局。有25条街，18条巷，街道纵横交错。
　　巍山北城楼名拱辰楼，建于明洪武年间。在高大的城墙上，有五间重檐歇顶式的古老建筑。城楼南面挂“魁雄六诏”，北面挂“万里瞻天”横匾。气势雄威。古楼高23.5米，下舌城墙高8.3米。楼架由28棵大柱支撑，由东、西两道小门登级而上。登上楼顶，举目四望，东西南北四条街道向四方延伸，屋舍俨然。整个巍山坝子全收眼底，十分壮观。
　　巍然屹立的拱辰楼和星拱楼，成为古城的标志性建筑。古城内民居基本保留了明、清风貌的中式结构。有的是“三坊一照壁”，有的是“四合五天井”，古朴典雅。在古城内外，有众多明、清古建筑，如文庙、文华书院、玉皇阁、东岳宫等。一些专家学者考察巍山古城后赞叹不已，认为“巍山古城风貌如此完整，在云南乃至全国均属少见”。
　　巍宝山是全国14座道教名山之一。为云南省第一批国家级森林公园。森林覆盖率达85.2%。山体像一大青狮，正回头俯瞰古城和瓜江；山下水库和大坝好似其梳妆台，白云浮游的水面宛若其穿衣镜。山势起伏雄伟，苍松翠柏挺拔，曲径通幽，景色迷人。在全国14座道教名山中，巍宝山的道观殿宇最多、最宏伟、建筑风格最具地方民族特色。其中的长寿洞八卦建筑风格、大殿门上的八仙过海镂空浮雕、大殿顶部的八对藻井镂空龙图，在全国道教名山中绝无仅有。巍宝山上依山就势建有22座清代道观，规模宏大，建筑工艺精湛。山上、殿宇中保留着“松下踏歌”壁画等大批有价值的碑文、石刻、壁画、楹联、匾额、雕刻等。