清代对大运河的治理主要注重了两点:一是疏浚山东省境内的大运河，而又以从临清到南旺的一段更为重要;二是注重江苏省境内大运河的安全通航，特别是保护里运河的堤防，使它不受洪泽湖及高宝湖下来的洪水威胁。清顺治八年(1651年)开始发动民工，大挖山东境内运河;顺治十年(1653年)，又规定临清到南旺间一段运河每年小浚一次。每隔一年大浚一次.以维持通航;后又修驻闸坝，加修堤岸。其中康熙帝对大运河最为重视，多次亲身前去实地调查。总结了不少经验。在江苏境内，首先继续培修洪湖大堤。做到“蓄清刷黄”，即在洪泽湖内蓄积起大量清水，用来冲刷黄河河道，使大运河通过淮河部分畅通无阻。另外，为了抗拒高宝湖水，又加高了运河的大堤，使淮河经过弯曲狭窄的水道，南下流人长江。
大运河上航运非常繁忙，容易因为争先超船而发生争执。因此朝廷发布诏令规定漕船先行，余船尾随，不遵约束者治罪。
元代以前，中国王朝的都城大都建在中原和关中地区，居天下之中，靠运河转输比较便利。元、明、清三代建都北京，与南方富庶之地相隔遥远。仅靠大运河转输已经不能满足需要了。因此。从元代开始就已经从沿海进行海路运输漕粮了，元代的漕运主要靠海运。走运河的大约只占十分之一。
到了清代中叶，太平天国兴起，洪秀全在南京建立了政权，占据东南，并且派兵北伐，河南、河北、山东一带，战火弥漫，阻断了江南财富通过运河北运的通道。咸丰五年(1855年)，黄河改道向北流入渤海，盛极一时的京杭大运河由于黄河改道的影响而淤塞断航。咸丰以后，清朝政府转向依靠海路运送漕粮，才“海运为常”。
津浦铁路通车以后，所经线路与大运河大体相当，完全取代了大运河的转输，京杭大运河逐渐走向衰废。到了民国时期，除厂江南地区全部及苏北地区和河北地区的局部河段尚可通航外，通惠河及其余河段全都逐渐埋废，京杭大运河变得有名无实了。
现在的运河污染严重。水道缺水，水运不畅。即将动工的南水北调东线工程将利用运河之床，运长江之水到华北缺水地区，以前运漕粮的运河终于又可以复活。或许有一天人们还可以从北京乘上游船，经通惠河、北运河、南运河、中运河、里运河、江南运河到平望，然后折向西经过湖州的运河西线，可以直接到达杭州，从而饱览这沿途的风光民俗。